پروژه توافق عام سی‌دی‌اس

پروژه توافق عام سی‌دی‌اس
محتوا
توضیح	همگرایی و اتفاق نظر برای داشتن یک گزارمان‌ استاندارد ژنی
تماس
مرکز پژوهش	مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری; مؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا; دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز; مؤسسهٔ وِلکام سَـنگِـر
پدیدآوران	پروئیت کی‌دی
استناد ابتدایی	پروئیت کی‌دی و همکاران (۲۰۰۹)
تاریخ انتشار	۲۰۰۹
دسترسی
وب‌گاه	www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi
گوناگون
نسخه	پروژه توافق عام توالی کُدگذاری (CCDS)، نسخهٔ ۲۱

پروژه توافق عام توالی کُدگذاری (انگلیسی: The Consensus Coding Sequence Project) یا به اختصار CCDS، یک تلاش مشارکت‌آمیز است که سعی دارد یک پایگاه دادهٔ مشخص از جایگاه‌های ژنی کدکنندهٔ پروتئین ارائه کند که به‌طور دقیق با توضیح‌نویسی و توصیف جزئی از مجموعه‌های ژنوم مرجع انسان و موش مطابقت داشته باشد.

این پروژه گزارمان‌های پروتئینی مشابه را در ژنوم‌های مرجع انسان و موش ردیابی می‌کند و آنها را با یک شناسهٔ مشخص موسوم به «CCDS ID» مشخص می‌کند. این شناسه باید بدون تغییر و به‌طور ثابت توسط مرکز ملی اطلاعات زیست‌فناوری، پروژه پایگاه داده ژنوم آنسامبل و سامانه جستجوی بانک ژنی دانشگاه کالیفرنیا، سانتا کروز به‌کار گرفته شود.^[۱] یک‌پارچگی داده‌های CCDS از طریق آزمایش‌های کنترل کیفی بسیار سخت‌گیرانه و همچنین گزینش داده‌ها به‌طور مداوم و دستی صورت می‌پذیرد.^[۲]

جستارهای وابسته

منابع

↑ ^۱٫۰ ^۱٫۱ Pruitt KD, Harrow J, Harte RA, Wallin C, Diekhans M, Maglott DR, Searle S, Farrell CM, Loveland JE, Ruef BJ, Hart E, Suner MM, Landrum MJ, Aken B, Ayling S, Baertsch R, Fernandez-Banet J, Cherry JL, Curwen V, Dicuccio M, Kellis M, Lee J, Lin MF, Schuster M, Shkeda A, Amid C, Brown G, Dukhanina O, Frankish A, Hart J, Maidak BL, Mudge J, Murphy MR, Murphy T, Rajan J, Rajput B, Riddick LD, Snow C, Steward C, Webb D, Weber JA, Wilming L, Wu W, Birney E, Haussler D, Hubbard T, Ostell J, Durbin R, Lipman D (2009). "The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes". Genome Res. 19 (7): 1316–23. doi:10.1101/gr.080531.108. PMC 2704439. PMID 19498102.
↑ Harte, RA; Farrell, CM; Loveland, JE; Suner, MM; Wilming, L; Aken, B; Barrell, D; Frankish, A; Wallin, C; Searle, S; Diekhans, M; Harrow, J; Pruitt, KD (2012). "Tracking and coordinating an international curation effort for the CCDS project". Database. 2012: bas008. doi:10.1093/database/bas008. PMC 3308164. PMID 22434842.

مشارکت‌کنندگان ویکی‌پدیا. «Consensus CDS Project». در دانشنامهٔ ویکی‌پدیای انگلیسی، بازبینی‌شده در ۱۷ دسامبر ۲۰۲۰.

[pmid19498102-1] ۱٫۰ ^۱٫۱ Pruitt KD, Harrow J, Harte RA, Wallin C, Diekhans M, Maglott DR, Searle S, Farrell CM, Loveland JE, Ruef BJ, Hart E, Suner MM, Landrum MJ, Aken B, Ayling S, Baertsch R, Fernandez-Banet J, Cherry JL, Curwen V, Dicuccio M, Kellis M, Lee J, Lin MF, Schuster M, Shkeda A, Amid C, Brown G, Dukhanina O, Frankish A, Hart J, Maidak BL, Mudge J, Murphy MR, Murphy T, Rajan J, Rajput B, Riddick LD, Snow C, Steward C, Webb D, Weber JA, Wilming L, Wu W, Birney E, Haussler D, Hubbard T, Ostell J, Durbin R, Lipman D (2009). "The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes". Genome Res. 19 (7): 1316–23. doi:10.1101/gr.080531.108. PMC 2704439. PMID 19498102.

[Second-2] Harte, RA; Farrell, CM; Loveland, JE; Suner, MM; Wilming, L; Aken, B; Barrell, D; Frankish, A; Wallin, C; Searle, S; Diekhans, M; Harrow, J; Pruitt, KD (2012). "Tracking and coordinating an international curation effort for the CCDS project". Database. 2012: bas008. doi:10.1093/database/bas008. PMC 3308164. PMID 22434842.

[۱]

[۲]