نشانگرهای دی‌ان‌ای با همباشی جایگاه محدودکننده
نشانگرهای دی‌ان‌ای با همباشی جایگاه محدودکننده (RAD) نوعی نشانگر ژنتیکی هستند که برای نقشه‌برداری همباشی، نقشه‌برداری QTL، ژنتیک جمعیت ، ژنتیک بوم‌شناختی و ژنتیک فرگشتی سودمند هستند. استفاده از نشانگرهای RAD برای نقشه‌برداری ژنتیکی اغلب نقشه‌برداری RAD نامیده می‌شود. یکی از جنبه‌های مهم نشانگرها و نقشه‌برداری RAD، فرایند جداسازی برچسب‌های RAD است، که توالی‌های دی‌ان‌ای هستند که بلافاصله هر نمونه از یک جایگاه محدودکننده ویژه از یک آنزیم محدودکننده را در سراسر ژنوم کنار می‌زنند.[۱] پس از جداسازی برچسب‌های RAD، می‌توان از آنها برای شناسایی و ژنوتیپ‌یابی پلی‌مورفیسم‌های توالی دی‌ان‌ای عمدتاً به شکل چندریختی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNPs) استفاده کرد.[۱] پلی‌مورفیسم‌هایی که با جداسازی و تجزیه‌وتحلیل تگ‌های RAD شناسایی و ژنوتیپ‌یابی می‌شوند، نشانگر RAD نامیده می‌شوند. اگرچه ژنوتیپ‌یابی با توالی‌یابی رویکردی شبیه به روش RAD-seq را ارائه می‌دهد، اما آنها در برخی موارد اساسی با هم تفاوت دارند.[۲][۳][۴]
جستارهای وابسته
[ویرایش]منابع
[ویرایش]- ↑ ۱٫۰ ۱٫۱ Miller MR, Dunham JP, Amores A, Cresko WA, Johnson EA (February 2007). "Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD) markers". Genome Research. 17 (2): 240–248. doi:10.1101/gr.5681207. PMC 1781356. PMID 17189378.
- ↑ Davey JW, Hohenlohe PA, Etter PD, Boone JQ, Catchen JM, Blaxter ML (June 2011). "Genome-wide genetic marker discovery and genotyping using next-generation sequencing". Nature Reviews. Genetics. 12 (7): 499–510. doi:10.1038/nrg3012. PMID 21681211.
- ↑ Campbell EO, Brunet BM, Dupuis JR, Sperling FA (2018). "Would an RRS by any other name sound as RAD?". Methods in Ecology and Evolution. 9 (9): 1920–1927. doi:10.1111/2041-210X.13038.
- ↑ Vaux F, Dutoit L, Fraser CI, Waters JM (2022). "Genotyping-by-sequencing for biogeography". Journal of Biogeography. 50 (2): 262–281. doi:10.1111/jbi.14516.