انتخابات ریاست جمهوری در تاجیکستان در ۶ نوامبر ۱۹۹۹ برگزار شد. در نتیجه این انتخابات و با رأی مردم، امامعلی رحمانوف که ۹۸ درصد آرا را به دست آورده بود، مجددا به عنوان ریاست جمهوری جمهوری نوپای تاجیکستان برگزیده شد. مخالفان که خواستار تعویق انتخابات بودند [۱] و قصد داشتند آن را تحریم کنند (اما چند ساعت پیش از آغاز رأی گیری تصمیم خود را تغییر دادند)، نتیجه اعلام شده را غیرقانونی توصیف کردند. [۲] همچنین ناظران خارجی نیز از نحوه برگزاری این انتخابات انتقاد داشتند، به ویژه در مورد مسائل ثبت نام نامزدها، دسترسی به رسانه ها و بی نظمی در رأی گیری، از جمله رأی گیری چندگانه. [۳]
میزان مشارکت بر اساس آمار رسمی، ۹۹ درصد از ۲٬۸۶۶٬۵۷۸ رای دهنده ثبت نام شده گزارش شده است.